L’indemnisation des arrêts maladie passe de 100% à 90% pour les agents publics

L’article L822-3 du code général de la fonction publique est modifié et disposera désormais que le fonctionnaire en congé de maladie ordinaire perçoit :

• Pendant trois mois, 90% de son traitement
• Pendant les neuf autres mois, la moitié de son traitement.

Ce nouveau taux d'indemnisation s’appliquera aux congés de maladie ordinaire accordés à compter du premier jour du mois suivant la publication de la loi de finances pour 2025 au journal officiel de la République française (JORF) c’est-à-dire à compter du 1^er mars 2025.

Précision au 07/03/2025 : Ces nouvelles dispositions s’appliquent aux prolongations de congé de maladie ordinaire accordées à compter du 01/03/2025. La DGAFP a en effet précisé que tout envoi d’un nouvel arrêt de travail constitue un nouveau CMO, même s’il prolonge une période précédente de CMO.
Par exemple, si le fonctionnaire fournit un certificat médical de prolongation de son Congé de Maladie Ordinaire (CMO) à compter du 10 mars, il bénéficiera, le cas échéant, de son plein traitement du 1^er au 9 mars, puis de 90% de son traitement à compter du 10 mars.

Pour mémoire, la journée de carence est maintenue.

Le placement rétroactif en CLM, CLD, CGM ou CITIS des fonctionnaires aura pour conséquence le versement d’un rappel de traitement à hauteur des 10%.

Pour les contractuels et agents à temps non complet

Précision au 28/02/2025 : Les décrets des 27 février 2025 procèdent à un toilettage visant à appliquer ces dispositions tant pour les fonctionnaires à temps non complet que pour les agents contractuels.

Celles-ci sont similaires à la modification apportée par la loi de finances pour 2025 au code général de la fonction publique afin de mettre fin « à la dichotomie plein traitement/demi traitement » pour passer au 90% du traitement durant les trois premiers de maladie ordinaire.

De fait, s’agissant des agents contractuels et du Congé de Maladie Ordinaire, pour les congés de maladie accordés à compter du 1^er mars 2025, les droits sont établis ainsi :

- « L'agent contractuel en activité bénéficie, sur présentation d'un certificat médical, de congés de maladie pendant une période de douze mois consécutifs ou, en cas de service discontinu, au cours d'une période comprenant trois cents jours de services effectifs, dans les limites suivantes :

1° Après quatre mois de services, un mois à 90%  de son traitement et un mois à demi-traitement ;

2° Après deux ans de services, deux mois à 90%  de son traitement et deux mois à demi-traitements ;

3° Après trois ans de services, trois mois à 90% de son traitement et trois mois à demi-traitement ».

Sort du régime indemnitaire

La réduction du traitement durant le CMO influe sur les autres éléments de rémunération.

Ainsi, dans la fonction publique de l’Etat, le décret n°2010-997 du 26 août 2010 prévoit que les primes et indemnités sont maintenues dans les mêmes proportion que le traitement en cas de congé maladie ordinaire.

En application du principe de parité, prévu à l’article L714-4 du code général de la fonction publique, les collectivités territoriales et leurs établissement publics peuvent, par délibération prise après avis du CST, décider du maintien du régime indemnitaire pendant les périodes de congé maladie ordinaire, dans la limite des proportions prévues pour les agents de la fonction publique d’Etat par le décret précité. Elles ne peuvent donc être plus favorables que ces dispositions réglementaires.

Dès lors, le maintien du régime indemnitaire est plafonné à 90% durant les trois premiers mois de congé maladie ordinaire à compter du 1^er mars 2025.

Si la délibération prévoit que le maintien du régime indemnitaire suit le sort du traitement, il n’est donc pas nécessaire de délibérer à nouveau pour l’application de ces nouvelles dispositions.

Compte tenu des incidences de cette disposition, des informations et précisions seront publiées pour son application dans les prochains jours.

Pour info : les deux modèles d'arrêtés (CNRACL et IRCANTEC ont été mis à jour afin de tenir compte de ces changements)