Dans le cadre des discussions au sujet des congés payés et arrêts maladie dans le secteur privé, le régime des fonctionnaires n’a pas été directement affecté puisque les fonctionnaires demeurant en position d’activité durant les congés pour raisons de santé, ils bénéficiaient déjà de l’acquisition de congés annuels durant ces périodes :
"Tout fonctionnaire territorial en activité a droit, dans les conditions et sous les réserves précisées aux articles ci-après, pour une année de service accompli du 1er janvier au 31 décembre, à un congé annuel d'une durée égale à cinq fois ses obligations hebdomadaires de service. Cette durée est appréciée en nombre de jours effectivement ouvrés", article 1 du décret n°85-1250 du 26 novembre 1985 relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux.
Toutefois, la LOI n° 2024-364 du 22 avril 2024 portant diverses dispositions d'adaptation au droit de l'Union européenne en matière d'économie, de finances, de transition écologique, de droit pénal, de droit social et en matière agricole a précisé le droit au report des congés annuels dans certaines situations (article 36).
Ainsi, à l’occasion :
"le fonctionnaire conserve le bénéfice des droits acquis avant le début du congé qu’il n’a pas été en mesure d’exercer en raison de ce congé". Cette précision permet par exemple de se libérer dans ces situations de l’obligation inscrite à l’article 4 du décret relatif aux congés annuels qui dispose : "Sous réserve des dispositions de l'article précédent, le congé dû pour une année de service accompli ne peut se reporter sur l'année suivante, sauf autorisation exceptionnelle donnée par l'autorité territoriale".